社会审计管理体制包括政府行政管理、行业自律管理和会计师事务所自我管理，三个层次融为一体。建立科学、合理、符合我国国情的社会审计管理体制对社会审计行业的发展至关重要。社会审计管理体制的核心是要正确处理政府部门、行业协会和会计师事务所之间的关系，规范各自行为。1998年通过政府机构改革，进一步明确了政府有关部门在指导、监督和管理社会审计行业方面的分工，这有利于社会审计行业的健康发展。
　　(一)政府行政管理
　　鉴于注册会计师的工作直接关系到社会公共利益，世界各国政府都通过政府行政部门依法进行监管。在我国，政府行政监管体系包括财政、审计、工商行政管理、税务部门和证券监督管理机构。
　　1.财政部门。国务院财政部门和省、自治区、直辖市人民政府的财政部门依法对社会审计行业进行指导、管理和监督。主要职责是：认定注册会计师执业资格，审批会计师事务所，制定收费标准，颁布执业准则，处罚违法违规执业的注册会计师及其会计师事务所。2.审计机关。各级审计机关依法对社会审计工作质量进行监督和检查。通过质量检查，对违法违规执业的注册会计师及其会计师事务所，建议财政部门和行业协会进行处理处罚。3.工商行政管理部门。工商行政管理部门依法对申请营业的会计师事务所进行审查，受理工商登记，颁发营业执照，还通过日常监督和工商年检，检查会计师事务所是否合法经营。
　　4.税务部门。税务部门依法对批准成立的会计师事务所办理税务登记和进行税收征管。
　　5.证券监督管理机构。证券监督管理委员会会同财政部门对从事证券业务的注册会计师和会计师事务所的执业资格进行认定和管理，并对核准从事证券业务的注册会计师和会计师事务所进行质量检查。
　　(二)行业自律管理
　　中国注册会计师协会作为行业协会，依法对社会审计行业进行自律管理。主要职责是：拟定执业准则，制定规范指南和质量检查办法，监督和检查注册会计师和会计师事务所的业务质量，制定后续教育规划和计划，并组织实施，制定同业公平竞争的管理办法，协调会计师事务所之间的业务关系。
　　另外，注册会计师协会还根据财政部门的授权和委托，承担一部分行政管理职能。
　　(三)会计师事务所自我管理
　　加强会计师事务所自我管理，是整个行业管理的基础。会计师事务所实行主任会计师负责制，只有通过制定和执行业务质量、人事、财务等各项内部管理制度，规范从业人员行为，会计师事务所才能提高服务质量，防范职业风险，在激烈的市场竞争中取胜。